Tính đến hết tháng 9/2026, toàn ngành thuế ban hành 14.668 quyết định hoàn thuế với tổng số tiền 149.463 tỷ đồng, tăng 46% so với cùng kỳ năm trước. Cùng với việc đẩy nhanh xử lý hồ sơ, cơ quan thuế đang chuyển mạnh sang quản lý dựa trên dữ liệu và rủi ro, hướng tới tự động xác định phần tiền đủ điều kiện hoàn…

Thông tin trên được ông Lê Long, Phó Cục trưởng Cục Thuế cho biết tại buổi họp báo quý III của Bộ Tài chính vào chiều ngày 6/10. 

Theo đó, tính đến nay, 99% hồ sơ đề nghị hoàn thuế đã được tiếp nhận qua phương thức điện tử, trong đó 73% hồ sơ được hệ thống phân loại theo diện hoàn trước và 87% hồ sơ được giải quyết trong thời hạn 6 ngày làm việc.

Số liệu của cơ quan thuế cho thấy, đến hết ngày 30/9/2026, toàn ngành đã ban hành 14.668 quyết định hoàn thuế, với tổng số tiền 149.463 tỷ đồng. Con số này tăng 46% so với cùng kỳ năm 2025, khi có 12.736 quyết định với số tiền hoàn 102.379 tỷ đồng, đồng thời tương đương 86,4% dự toán hoàn thuế cả năm, ở mức 173.000 tỷ đồng.

Trong tổng số tiền đã hoàn, hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chiếm tỷ trọng lớn nhất, với 13.387 quyết định, tương ứng 125.018 tỷ đồng. Khoản hoàn này chiếm 91% tổng số quyết định và 84% tổng số tiền hoàn.

Đứng thứ hai là hoàn thuế giá trị gia tăng đối với các dự án đầu tư, với 791 quyết định, số tiền 23.469 tỷ đồng, chiếm 5% số quyết định nhưng tới 16% tổng số tiền hoàn. Phần còn lại là 490 quyết định hoàn thuế đối với các trường hợp ưu đãi, miễn trừ ngoại giao và các trường hợp khác, với số tiền 975 tỷ đồng, tương ứng 3% số quyết định và 1% số tiền.

Theo ông Lê Long, cùng với việc tăng tốc xử lý hồ sơ, cơ quan thuế đang thay đổi cách thức tổ chức thực hiện. Tiến độ giải quyết được theo dõi thường xuyên và gắn với trách nhiệm của người đứng đầu, trong khi các hồ sơ tồn đọng hoặc kéo dài được đưa vào diện rà soát, xử lý tập trung.

Một thay đổi đáng chú ý khác nằm ở phương thức nhận diện gian lận. Thay vì chỉ xem xét từng bộ hồ sơ, chứng từ một cách riêng biệt, cơ quan thuế đang chuyển sang phân tích mối liên hệ giữa người nộp thuế, chuỗi hóa đơn và chuỗi giao dịch. Dữ liệu kê khai thuế, hóa đơn điện tử được kết hợp với thông tin từ các cơ quan, tổ chức liên quan để đánh giá rủi ro và xác định những trường hợp cần kiểm tra sâu hơn, ông Lê Long nhấn mạnh

Tuy nhiên, tốc độ hoàn thuế trên thực tế vẫn chưa đồng đều giữa các nhóm hồ sơ. Những trường hợp có giao dịch qua nhiều khâu trung gian, liên quan đến nhiều doanh nghiệp hoặc địa bàn, hoặc xuất hiện dấu hiệu rủi ro thường cần thêm thời gian để kiểm tra, xác minh. 

Bên cạnh đó, một số quy định liên quan đến điều kiện khấu trừ, hoàn thuế vẫn còn phức tạp, trong khi dữ liệu phục vụ quản lý chưa được tập trung đầy đủ. Việc kết nối, chia sẻ thông tin giữa cơ quan thuế với hải quan, ngân hàng, công an và các cơ quan liên quan cũng chưa hoàn toàn đáp ứng được yêu cầu về tính đầy đủ và kịp thời.

Trong giai đoạn tới, định hướng của ngành thuế là không tiếp tục đặt toàn bộ hồ sơ vào cùng một quy trình kiểm soát, thay vào đó, sẽ phân loại theo mức độ tuân thủ và rủi ro. Người nộp thuế có lịch sử tuân thủ tốt sẽ được ưu tiên giải quyết nhanh hơn, trong khi nguồn lực kiểm tra được tập trung vào những hồ sơ, giao dịch và chủ thể có dấu hiệu bất thường.

Mục tiêu được đặt ra là 100% hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng được tiếp nhận điện tử và 100% hồ sơ được giải quyết đúng hạn, ngoại trừ những trường hợp có dấu hiệu gian lận, trốn thuế hoặc vi phạm pháp luật. Tiến độ xử lý, đặc biệt với hồ sơ tồn đọng, tiếp tục được kiểm soát gắn với trách nhiệm của người đứng đầu. Để thực hiện mục tiêu này, Bộ Tài chính tập trung vào ba hướng chính:

Trước hết là tiếp tục hoàn thiện chính sách và đơn giản hóa thủ tục đối với người nộp thuế có mức độ tuân thủ tốt. Cơ quan quản lý sẽ rà soát các quy định về điều kiện khấu trừ, hoàn thuế để tháo gỡ những điểm còn gây vướng mắc; đồng thời tinh giản thành phần hồ sơ, loại bỏ những thông tin hoặc chứng từ trùng lặp và hạn chế yêu cầu doanh nghiệp cung cấp lại dữ liệu mà cơ quan nhà nước đã có.

Theo ông Lê Long, việc phân loại người nộp thuế theo mức độ tuân thủ và rủi ro sẽ được sử dụng làm cơ sở để thiết kế quy trình xử lý phù hợp. Với nhóm tuân thủ tốt, thời gian giải quyết được ưu tiên rút ngắn, trong khi việc kiểm tra có thể chuyển sang thực hiện sau hoàn theo nguyên tắc quản lý rủi ro.

Thứ hai, đẩy sâu hơn việc số hóa, tự động hóa và đánh giá rủi ro ngay ở cấp độ từng giao dịch và từng phần tiền đề nghị hoàn. Cơ quan thuế sẽ tăng cường đối chiếu dữ liệu giữa hóa đơn điện tử, hồ sơ khai thuế, thông tin hải quan, dữ liệu thanh toán và các nguồn thông tin liên quan.

Trên nền tảng dữ liệu được kết nối, hệ thống hướng tới khả năng tự động xác định phần tiền đã đủ điều kiện hoàn, phần cần doanh nghiệp giải trình hoặc cơ quan thuế xác minh và phần có dấu hiệu rủi ro cần kiểm tra

Theo kế hoạch, ngành Thuế thí điểm tự động xác định số tiền đủ điều kiện hoàn trong tháng 12/2026, làm cơ sở triển khai chính thức từ năm 2027. Cách làm này nhằm tránh trường hợp rủi ro của một phần giao dịch làm kéo dài việc hoàn đối với toàn bộ số tiền đã đủ điều kiện.

Thứ ba, công tác chống gian lận cũng được định hướng chuyển từ kiểm tra từng hồ sơ, từng doanh nghiệp sang phân tích cả chuỗi hóa đơn, chuỗi giao dịch và dòng tiền. Thay vì dàn trải nguồn lực, cơ quan thuế sẽ tập trung vào những doanh nghiệp, giao dịch hoặc mắt xích có dấu hiệu bất thường, đồng thời mở rộng kết nối dữ liệu với hải quan, ngân hàng, công an và các cơ quan liên quan.